Även om Frankrike var katolskt och undertryckte alla protestantiska försök till religiös inbrytning i landet, så understödde man ändå furstar utanför landet, som kunde hjälpa till i kampen mot det habsburgska väldet. Av den anledningen betalade man gärna pengar till både Danmark och Sverige för deras krigföring.
Kriget kan delas in i fyra olika faser, som uppkallas efter de motståndare, som det kejserliga huset hade. Krigsskådeplatserna fanns över hela Europa men huvudsakligen på det tyska rikets territorier. Det var heller inte så, att något område hade krig alla trettio åren och krigets inverkan på land och folk var mycket olika. Så drabbades t.ex. Pommern och Mecklenburg hårt, då nästan 80% av befolkningen dog. Allra svårast hade de områden, som var genomgångsområden för trupperna. I nordvästra delen av riket förekom knappast några skador alls.
1. Bömisk-pfalziska kriget (1618-1623)
Trettioåriga kriget brukar sägas ha börjat 23 maj 1618 och som grund anges, att två kejserliga ståthållare kastades ut genom ett fönster på borgen i Prag. De böhmiska ständernas uppror mot Habsburgarna slutar i katastrof. Kungen, Fredrik V, måste fly och förlorade sin ställning som kurfurste. Böhmen blev genom kejsaren Ferdinand II:s seger tvångskatoliserat och ett stort antal protestanter lämnade landet.
2. Nedersaxisk-danska kriget (1625-1629)
Den nya maktkonstellationen, katolikernas och kejsarens segrar, gjorde att protestantiska riksfurstar och en rad europeiska makter blandade sig i händelserna. De samlades under ledning av den danske kungen, Kristian IV, som också var hertig av Holstein och således riksfurste. Kejsaren satsade på egna trupper, som ställdes under befäl av Wallenstein, en framgångsrik och innovativ härförare. Han samlade en privatarmé omkring sig och satte in den på kejsarens sida. Kriget förlades till Nordtyskland och 1626 fick den danske kungen se sig besegrad, sedan hans nordtyska förbundna lämnat honom i sticket och han drog sig tillbaka till Hamburg.
Landet blev under denna tid kraftigt förött på grund av de många trupprörelserna och plundringarna. Härtill kom också ett missväxtår 1626 i västra Tyskland samt utbrott av pest, som drabbade hela landet. En fred syntes vara nära förestående, då Frankrike på grund av religiösa problem inom landet tvingades sluta finansiera kejsarens fiender. Men kejsaren eftersträvade överhöghet över Östersjön och de båda härförarna Wallenstein och Tilly besatte Brandenburg, Mecklenburg och Holstein. Kristian IV jagades tillbaka till Jylland. Sedan Wallenstein fått gå, tycktes nu hela riket stå under kejsarens inflytande.
3. Svenska kriget (1630-1635)
I denna situation ingrep den svenske kungen Gustav II Adolf och landsteg i juli 1630 på ön Usedom med ca 13 000 man. Hans första mål var Magdeburg, som han erövrade. De protestantiska riksfurstarna erbjöd nu kejsaren sin hjälp mot att de skulle återfå de gods, som tidigare hade dragits in och givits till katolska kyrkan. Kejsaren ansåg detta vara ett för högt pris och satte sin tillit till de egna trupperna under Tillys befäl. Magdeburg stormades igen och plundrades av den kejserliga hären. Man uppskattar, att ca 25 000 människor omkom vid detta tillfälle. Truppernas framfart väckte stor ovilja och protestantiska länder liksom riksfurstarna slöt upp på svenskarnas sida. Det avgörande slaget på marschen söderut stod vid Breitenfeld (i närheten av Leipzig) 1631, då den svenska hären i samarbete med den saxiska slog Tilly. Därmed var vägen till Sydtyskland öppen: samtidigt som svenskarna marscherade mot Bayern, hade saxarna intagit Prag. Efter svenskarnas segrar tycktes ingenting stå i vägen för dem på deras marsch mot Wien och en direkt uppgörelse med kejsaren.
Nu vaknade emellertid viljan till motstånd mot svenskarna inte bara i Tyskland utan också i Frankrike, där man befarade, att den svenska framgången skulle få den politiska vågskålen att tippa över i svenskarnas favör helt och hållet. Under tiden hade kejsaren tagit ny kontakt med Wallenstein och bett honom att ställa sig och sin här om 20 000 man till kejsarens förfogande. Efter förhandlingar slöt Wallenstein upp på kejsarens sida igen och Gustav II Adolf tvingades att uppge sina planer på att inta Wien och återvända norrut för att möta den nya hären. De båda arméerna möttes i det ödesdigra slaget vid Lützen 1632, då den svenske kungen stupade.
Sveriges handlande på tysk mark togs nu över av den svenske kanslern Axel Oxenstierna. Ett fredsslut tycktes inte vara aktuellt för svenskarna, som inte hade uppnått sina mål. Däremot lyckades kejsaren sluta separatfreder med riksfurstarna, som tillförsäkrades vittgående rättigheter, dock ej rätten att underhålla egna arméer.
4. Svensk-franska kriget
Kriget tog nu en ny vändning. Frankrike hade hitintills inte aktivt blandat sig i händelserna, man hade bara ekonomiskt understött den protestantiska sidan. Men med en så mäktig kejsare och ett förstärkt hus Habsburg kunde man inte leva. Därför förklarade man 1635 krig mot den spanske kungen och därmed mot hela huset Habsburg. Krigshändelserna förlades västerut till områdena omkring Rhen. De stora avgörande slagen utkämpades utanför det tyska riksområdet, 1643 besegrades den spanska hären fullständigt vid Rocroi. De tidigare separatfrederna mötte också motstånd, och på nytt grep riksfurstarna till vapen under svenskarnas ledning för att framgångsrikt bekämpa de kejserliga trupperna. Trötta på kriget slöt vissa furstar separatfreder med svenskarna, däribland Brandenburg 1641.
Sedan 1644 förhandlade man på en internationell kongress i Osnabrück och Münster om den europeiska freden. Huset Habsburgs maktposition var försvagad och segrarna i striderna var Sverige, Frankrike och riksfurstarna, som kunde hävda sin självständighet gentemot kejsaren. För Sveriges del blev utfallet av freden att man bl.a. fick Vorpommern och en del av Hinterpommern, dessutom öarna Rügen, Usedom och Wollin samt vissa landområden i närheten av Bremen.
